در سال 2010، مرکز کنترل و پیشگیری از بیماری ها، چندین روش درمانی را برای بیماران مبتلا به زخم های تناسلی ارائه داد. درمان عفونت  HSV باید قبل از آماده شدن نتایج آزمایش شروع شود، زیرا درمان زودهنگام می تواند، احتمال انتقال و دوره ی زخم های تناسلی را به حداقل برساند. به بیماران آموزش داده می شود تا در مراحل اولیه بیماری، در زمان ظاهر شدن ضایعات و در طول درمان از انجام فعالیت جنسی خودداری کنند.

اولین دوره ی عفونت  HSV تناسلی، ممکن است با قرص خوراکی آسیکلوویر (زوویراکس)، 400 میلی گرم، سه بار در روز و به مدت 7 تا 10 روز درمان شود. از داروهای فامسیکلوویر (فامویر) یا والاسیکلوویر (والترکس) می توان به عنوان درمان های جایگزین استفاده کرد. در رابطه با پماد برای زخم تناسلی باید گفت که، پمادهای ضد ویروس موضعی در درمان عفونت HSV مزایای محدودی دارند و توصیه نمی شوند. 

سفلیس اولیه ممکن است با یک دوز محلول تزریقی پنی سیلین جی بنزاتین، قابل درمان باشد. مطابق با توصیه مرکز کنترل و پیشگیری از بیماری ها، بیمارانی که به پنی سیلین حساسیت دارند، باید حساسیت زدایی شوند. روش های درمانی شانکروئید شامل تزریق 250 میلی گرم سفتریاکسون (روسفین) به صورت دوز واحد، یا آزیترومایسین (زیترومکس)، سیپروفلوکساسین (سیپرو) و یا اریترومایسین خوراکی می باشد.

این درمان ها برای مردان ختنه نشده و بیماران مبتلا به ویروس نقص ایمنی انسانی یا HIV تأثیر کمتری دارند. اگر شرکای جنسی افراد بیمار، طی ده روز گذشته با آنها رابطه ی جنسی برقرار کرده اند، بدون در نظر گرفتن وجود علائم باید تحت درمان قرار بگیرند. بیماران مبتلا به لنفوگرانولوما ونروم و دنوانوزیس باید به مدت 21 روز قرص داکسی سایکلین خوراکی (100 میلی گرم، 2 بار در روز) مصرف کنند.

تا زمان رفع شدن کامل علائم دنوانوزیس، باید مصرف آنتی بیوتیک را ادامه داد. اریترومایسین، یک درمان جایگزین برای درمان بیماری لنفوگرانولوما ونروم محسوب می شود. درمان زخم های پوستی مخاطی در سندرم بهجت، براساس علائم مرتبط می باشد، زیرا زخم ها ممکن است دوباره عود کنند. در یک کارآزمایی تصادفی، مصرف داروی اینترفرون آلفا-2a (پگاسیس) به صورت سه بار در هفته به مدت سه ماه، مدت زمان و درد زخم های دهانی و تعداد دفعات زخم های تناسلی را بهبود بخشید.

اما برای اثبات تأثیر آسیکلوویر خوراکی، کلشی سین خوراکی یا اینترفرون موضعی برای درمان زخم های تناسلی ناشی از سندرم بهجت، شواهد کافی وجود ندارد. در بیماران مبتلا به سندرم بهجت، سوکرالفیت واژینال یا موضعی، درد زخم های دهانی را کاهش می دهد، اما تعداد دفعات، زمان بهبودی و درد زخم های تناسلی را به طور قابل توجهی کاهش نمی دهد.